小燕子无法生育，五阿哥被迫纳妾，这是《还珠》第三部最主要的一根故事线。
　　
　　由于不明顽疾，小燕子始终不能生育，老佛爷看在眼里，急在心上，最后把眼光瞄准了另一个宫中格格：知画。这个新设置的角色原来是个民间良家女子，因为得到老佛爷的赏识召进宫内，和小燕子、五阿哥都相识。一个是自己青梅竹马的恋人，一个是老佛爷指定，一直暗恋自己的新人，五阿哥陷入了一场矛盾中。最后结果当然是三人皆大欢喜，五阿哥最终回到...(阅读全文)了小燕子的身边，知画也身得其所。
　　
　　有意思的是，生活中出现“第三者”的不光是小燕子和五阿哥之间，皇阿玛也在下江南、游扬州时欠下了一段风流债。下江南时，一个偶然机会皇阿玛结识了扬州名妓夏盈盈，二人一见倾心，在皇家引起了一段轩然大波。
　　
　　晴儿和萧剑这对苦命鸳鸯在第二部时就已经惺惺相惜，却始终有缘无分。第三部里，萧剑协助五阿哥理政，在中缅战争中帮了五阿哥的大忙。但是已经习惯浪迹江湖的他却始终无法摆脱江湖情怀，他和晴儿的婚事也就成了皇宫内众人反对的焦点。而最后的结果是晴儿和萧剑私奔出逃，惹怒了皇阿玛，要和她断绝情义，但最后还是圆满解决，在中缅战争之后，萧剑谢绝了皇阿玛的封赏，决意和晴儿一起浪迹天涯，有情人终成眷属。
　　
　　《还珠》的三对情侣中，尔康和紫薇是结婚最早，最让人羡慕但也是最命运多舛的。这对情侣的遭遇充分体现了琼瑶高超的悲剧天才，让人同情，但是又不忍卒看。
　　
　　第三部里，皇阿玛年事渐高，永琪和尔康成了他料理朝政的左膀右臂。弟兄三人同心协力，让皇阿玛省心不少。随后中缅边境爆发战争，尔康统领先头部队身先士卒，最后却不幸被缅军俘虏。和缅甸公主之间引发了一段交割不清的感情纠葛。为了阻止尔康回国，让他死心塌地留在缅甸，留在公主身边，缅甸王不惜用诱骗他吸毒的方式，把尔康推向了一场灾难的深渊。后来经过交涉，尔康终于得以返回京城，在永琪、萧剑等人的帮助下，最终戒除了毒瘾，重新回到了紫薇身边。  (隐藏显示)